予想に反してすんなりいけました。
pkg install以外は全て一般ユーザーで実行します。

##### Javaのインストール ``` pkg install openjdk8 ```
##### IntelliJ IDEAのダウンロード 公式サイト(IntelliJ IDEA — The Best Java and Polyglot IDE)から、Linux用のファイル(*.tar.gz形式)をダウンロードします
##### 解凍 ``` gunzip ideaIC-14.0.1.tar.gz tar xvf ideaIC-14.0.1.tar ```
##### 起動スクリプトを実行 ※同梱物の「Install-Linux-tar.txt」を参照のこと ``` idea-IC-139.225.3/bin/idea.sh ```
これで起動します。これだけです。

※起動スクリプトを見てるとFreeBSDの判定などしているみたいなので、もともと考慮されているっぽいです。