Windowsの標準機能を使って、ファイルの拡張子を一括変換することができます。
まず、コピー前のフォルダの中身です。

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a.txt
b.txt
新しいテキスト ドキュメント.txt
新規 Microsoft Word 文書.docx

特定の拡張子を書き換え

拡張子が「.txt」のファイルの拡張子を「.hoge」に書き換えてみましょう

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ren *.txt *.hoge

書き換え後のフォルダの中身です。

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a.hoge
b.hoge
新しいテキスト ドキュメント.hoge
新規 Microsoft Word 文書.docx

全ての拡張子を書き換え

全てのファイルの拡張子を「.hoge」に書き換えてみましょう

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ren * *.fuga

書き換え後のフォルダの中身です。

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a.fuga
b.fuga
新しいテキスト ドキュメント.fuga
新規 Microsoft Word 文書.fuga

こんな感じで、この程度であればCygwinを入れたりしなくても簡単にファイル名を書き換えることができます。
コマンドプロンプトでできますが、もちろんBATファイルにして実行することもできます。