手順

コマンドプロンプトを管理者権限で開いて

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lxrun /uninstall /y
lxrun /install /y

で再インストールできます。

lxrunコマンドの解説

コマンドのヘルプは、

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lxrun /?

で確認することができます。

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C:\Users\kunst>lxrun /?
LX サブシステムの管理操作を実行します

使用法:
    /install - サブシステムをインストールします
        オプションの引数:
            /y - ユーザーに許可を求めません
    /uninstall - サブシステムをアンインストールします
        オプションの引数:
            /full - 完全アンインストールを実行します
            /y - ユーザーに許可を求めません
    /setdefaultuser - bash を起動するサブシステム ユーザーを構成します。ユーザーが存在しない場合は作成されます。
        オプションの引数:
            username - ユーザー名を指定します
            /y - ユーザー名が指定された場合、パスワードの作成を求めません
    /update - サブシステムのパッケージのインデックスを更新します

インストール・再インストールの他にも、デフォルトユーザの切り替えもできるみたいです。

参考URL