予想に反してすんなりいけました。
pkg install以外は全て一般ユーザーで実行します。

Javaのインストール
1
pkg install openjdk8
IntelliJ IDEAのダウンロード

公式サイト(IntelliJ IDEA — The Best Java and Polyglot IDE)から、Linux用のファイル(*.tar.gz形式)をダウンロードします

解凍
1
2
gunzip ideaIC-14.0.1.tar.gz
tar xvf ideaIC-14.0.1.tar
起動スクリプトを実行

※同梱物の「Install-Linux-tar.txt」を参照のこと

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idea-IC-139.225.3/bin/idea.sh

これで起動します。これだけです。

※起動スクリプトを見てるとFreeBSDの判定などしているみたいなので、もともと考慮されているっぽいです。